Programme

Aperçu du programme provisoire :

Programme à télécharger :  ici 

Liste des sessions :

• Session 1: Analyse d’image à l’ère de l’IA
• Session 2: Cytométrie en image 
  • Julie Cazareth - « Pimp my cytometry » : quand l’image « booste » la cytométrie
  • Jean François Mayol - Imaging Flow Cytometry : principe du FACS Discover S8/A8, application à l’analyse de la synapse immunologique.
  • Julien Cherfils-Vincini - Imagerie en flux et phénotypes complexes : le cas de la sénescence
• Session 3: Microscopie électronique 3D & corrélative
• Session 4: Lames virtuelles et scanners de lames
  • Samah Rekima - Scanner de lames et lames virtuelles : de l’acquisition à l’analyse d’images avec QuPath
  • Bianca Silva - Cartographie haute résolution à l’échelle du cerveau entier
• Session 5: Microscopie super résolutive par fluctuation

Pour vous inscrire, rendez-vous directement à la page "Inscription".

A propos des ateliers :

Les ateliers se dérouleront sur les sites de l'Institut de Pharmacologie Moléculaire et Cellulaire (IPMC) : Tutelles CNRS, INSERM et UCA et de l'Institut Sophia Agrobiotech (ISA) : Tutelles INRAE, CNRS et UCA.

Chaque atelier durera 1h et les participants pourront suivre 2 ateliers : 2x1h. 

A NOTER : Les 2 sites étant éloignés, chaque participant restera donc sur un même site et devra choisir 2 ateliers au même endroit. 

Le nombre de places étant restreint selon les ateliers, un ordre de priorité sera demandé lors des inscriptions.

3 ateliers proposés sur l'IPMC :

o   IPMC-1 : Lame virtuelle-Scanner VS200

Présentation des caractéristiques du scanner VS200 : Scan de Lame en transmission / Fluorescence /lumière polarisée ; Prise en main du logiciel d’acquisition et de visualisation.  (max 5 participants)

o  IPMC-2 : Lame virtuelle -QuPath

Présentation d'un logiciel libre QuPath dédié à l'analyse d'images de lames virtuelles : Détection automatique des échantillons, segmentation cellulaire et tissulaire, phénotypage et classification de pixel. (max 10 participants)

o   IPMC-3 : Atelier STED 

(max 5 participants)

5 ateliers proposés sur ISA :

o   ISA-1 : Visite de l’infrastructure Plantbios 

PlantBIOs est une infrastructure qui réunit au sein d’ISA des équipements et expertises dans le domaine du biocontrôle et de la biostimulation des plantes. La mission de PlantBIOs est d’offrir aux équipes de recherche d’ISA comme aux équipes externes académiques ou privées des outils et une organisation optimisés. (max 25 participants)

o   ISA-2 : Cytométrie : Attune CytPix

« Pimp my cytometry » ; quand l’image « booste » la cytométrie.

Présentation de l'Attune CytPix (Thermo Fisher Scientific), un cytomètre en image permettant l'acquisition d'images en champ clair de cellules individuelles à haut débit (jusqu'à 6 000 images/s et 1 mL/min). L'atelier présentera les avantages de cette technologie, les paramètres morphométriques dérivés de l'image, ainsi que des exemples d'applications, notamment l'analyse de gouttelettes lipidiques intracellulaires. (max 5 participants)

o   ISA-3 : Photogrammétrie

Modélisation 3D d’un échantillon observé au MEB sans forcément se limiter au MEB. (max 10 participants)

o   ISA-4 : EnderScope

Ce système de microscopie à faible coût, open source et portable basé sur une imprimante 3D coûte environ 300 €, pèse 1,8 kg, s’adapte dans un boîtier de 30 cm x 30 cm et peut effectuer des scans en mosaïque d’une grande surface en fond clair et en fluorescence. De plus, l’instrument peut être programmé pour la microscopie intelligente – ou la microscopie à rétroaction adaptative – où un microscope est programmé pour changer ses paramètres d’acquisition au cours d’une expérience sans intervention humaine. (max 10 participants)

o   ISA-5 : Potentiel de l'analyse automatique d'images d'une base de données OMERO avec Fiji/ImageJ  

Cet atelier proposera aux participants d'utiliser la base de données OMERO et son interface de connexion en mode graphique ou de "batch" en lancement de macros-programmes sous le logiciel Fiji. Nous verrons comment il est possible de gérer les régions d'intérêt et les tableaux de résultats pour récupérer toutes ces informations avec les images et potentiellement utiliser les modules de fouille de données. Une connaissance minimale de Fiji est nécessaire pour participer.(max 10 participants)